Les deux génomiques.

Vincent Ramillon (Max-Planck Institut für Wissenschaftgeschichte, Berlin) a le plaisir de vous inviter à la soutenance de sa thèse préparée sous la direction de M. Dominique Pestre, qui aura lieu au centre Alexandre Koyré, pavillon Chevreul, Muséum National d’Histoire Naturelle, Paris, le vendredi 9 février à 9 heures.

Le jury sera composé de messieurs :
Maurice Cassier, directeur de recherche au CNRS (examinateur)
Yves Cohen, directeur d’études à l’EHESS (examinateur)
Jean-Paul Gaudillière, directeur de recherche à l’INSERM (rapporteur),
Jean Gayon, professeur à l’université Paris I (examinateur),
Michel Morange, professeur à l’université Paris VI et à l’ENS (rapporteur),
Dominique Pestre, directeur d’études à l’EHESS (directeur de thèse).

Les deux génomiques.
Mobiliser, organiser, produire : du séquençage à la mesure de l’expression des gènes.

La première partie de la thèse est consacrée à l’étude des pratiques matérielles caractéristiques des programmes de séquençage et de cartographie génétique ayant vu le jour à partir du milieu des années 1980. De ce point de vue, l’histoire de la génomique est marquée par l’apparition d’un nouveau rapport du travail scientifique à sa dimension productive, faisant de celui-ci l’objet de quantifications en tant qu’instrument d’une production. Ces quantifications donnèrent lieu à un ensemble de rationalisations de l’organisation du travail pour la cartographie et le séquençage, s’appuyant sur la standardisation des procédures, la recomposition des divisions du travail, et surtout une automatisation de la production pour produire des inventaires exhaustifs de gènes et de leurs séquences. Les diverses mobilisations des techniques d’automatisation dans un contexte d’antagonismes issus des initiatives de privatisation du matériel génétique firent de la productivité des laboratoires de séquençage l’une des principales normes de régulation des communautés impliquées dans ces travaux, favorisant en retour une automatisation croissante de la production et les modes d’organisation du travail associés.
    La seconde partie de la thèse propose une analyse critique des approches dites de « génomique fonctionnelle », qui furent développées dans un second temps, à partir de technologies d’analyse comme les puces à ADN, en étant présentées dans une opposition explicite avec les méthodes du séquençage qu’elles devaient dépasser tout en s’appuyant sur leurs résultats. Elles se développèrent pourtant à partir des mêmes compétences matérielles d’automatisation de la manipulation des banques moléculaires et de gestion automatisée des données, qui se voyaient exportées d’un type de pratique expérimentale vers un autre. La génomique fonctionnelle peut ainsi se lire à son tour comme un mouvement d’automatisation s’étendant du séquençage aux mesures d’expression génétique et à l’administration d’inventaires de ces mesures, à partir duquel la figure de la complexité vint à être convoquée dans ses discours et donna naissance à la revendication d’une « biologie des systèmes » comme modèle d’étude pour la génomique. La mise en avant d’une rupture entre les deux génomiques, construite à partir d’un récit généalogique des technologies de la génomique fonctionnelle qui adossait la transformation des pratiques expérimentales à l’innovation technique, permettait de régénérer les promesses initiales de la génomique en les déplaçant sur un nouveau type d’inventaires.